Мавлоно Яъқуби Чархӣ (1359–1447) яке аз бузургтарин мубаллиғони тасаввуфи нақшбандия ва шоирони барҷастаи асрҳои XV–XVI ба шумор меравад. Ӯ дар яке аз деҳаҳои атрофи шаҳри Ҳирот ба дунё омада, баъдан барои такмили дониш ба Бухоро сафар кардааст. Дар идомаи зиндагӣ Мавлоно Яъқуб ба маҳалли имрӯзаи масҷид омада, то поёни умр дар ҳамин ҷо иқомат намуда, ба тарбияи маънавӣ ва иршоди мардум машғул буд. Мавлоно яке аз пайравони Баҳоуддини Нақшбанд мебошад, ки яке аз поягузорони тариқати нақшбандия мебошад. Бояд гуфт, ки дар ин тариқат доштани касб ҳатмӣ буда, бо дил ба ёди Худо ва бо даст машғули кор будан асоси ин тариқат аст. Аз ин ҷост, ки Мавлоно Яъқуби Чархӣ меҳнати ҳалолро дар мавқеи марказӣ гузошта, дар баробари ибодат ба меҳнати ҷисмонӣ аҳаммияти хос медод ва онро яке аз шартҳои ташаккули инсони комил мешуморид. Ин андешаҳо дар фарҳанги маънавии тоҷикон таъсири амиқ гузоштаанд.
Тибқи маълумоти бархе аз сарчашмаҳо, масҷид дар замони зиндагии Мавлоно Яъқуби Чархӣ бунёд ёфтааст, аммо тибқи маълумоти дигар, сохтмони он баъди вафоти ӯ анҷом пазируфтааст. Таҳқиқоти бостоншиносӣ ин масҷидро ба асри XVI мансуб дониста, онро намунаи равшани меъмории суннатии исломӣ арзёбӣ менамоянд.
Масҷид дорои ду ҳавлӣ буда, дар саҳни ҳавлии якум манораи баланд, ҳавзи об ва дарахтони қадимӣ мавҷуданд. Тибқи баъзе аз ривоятҳо яке аз ин дарахтонро шоир ва мутафаккири барҷастаи тоҷик Абдураҳмони Ҷомӣ шинондааст. Гуфта мешавад, ки А. Ҷомӣ бо Мавлоно Яъқуби Чархӣ мулоқот намуда, аз суҳбати якдигар баҳравар шудаанд ва ҳангоми рафтан шоири бузург ниҳоле дар назди ҷӯйи масҷид шинондааст, ки ба ақидаи сокинон то имрӯз боқӣ мондааст.
Манора бошад дар асоси сабк ва усулҳои меъмории асрҳои XV-XVI бино гардидааст. Баъзе ҷойҳои он бо кошинҳои кабуд ва қисмати дигари он бо хиштҳо, ки инъикоскунандаи нақшу нигорҳои ҳандасӣ мебошанд, зиннат ёфтааст. Манораи мазкур барои азон гуфтан ва даъвати мардум ба ибодат пешбинӣ гардидааст, ки он хоси фарҳанги исломӣ ва сабки меъмории масҷидҳо мебошад. Атрофи ин ҳавлиро айвонҳои пайваста бо бинои масҷид ташкил медиҳанд. Айвонҳо бо сутунҳо ва болорҳои чубин сохта шудаанд. Сутунҳо низ хоси меъмории асрҳои миёна мебошад, ки чунин шакли сутунҳо то асри XIX дар меъмории Осиёи Миёна истифода мешуданд. Қисмати пойинии онҳо нисбатан ғафстар буда, бо гулбуриҳо, ки шаклҳои ҳандасӣ доранд ороиш меёфтанд. Ин шакли сохт ҳам мустаҳкамии сутунҳо ва ҳам зебоии онҳоро таъмин менамуд. Сарсутанҳо низ бо нақшҳои кандакоришуда зиннат ёфтаанд. Дар саҳни ҳавлии дигар марқади Мавлоно Яъқуби Чархӣ воқеъ гардидааст.
Толори масҷид тавассути ду равоқ ва деворҳои дарунӣ ба се қисм ҷудо шуда, дар девори ғарбии қисми марказӣ меҳроби чуқур бо нақши панҷгӯша ҷойгир мебошад. Аз тарафи шарқ даромадгоҳ бо айвони калони сутундор оро ёфта, деворҳо аз хишти пухта сохта шудаанд.
Солҳои 1980-1981 ба сохти масҷид тағйирот ворид гардида, аз тарафи чап масҷид, ҷумъахонаи боҳашамат сохта мешавад. Бо вуҷуди ин тағйирот бинои масҷид аслияти таърихии худро нигоҳ дошта, ҳамчун ёдгории меъмории асрҳои XVI-XVII миллати тоҷик дар Феҳристи ёдгориҳои таърихию фарҳангии Ҷумҳурии Тоҷикистон сабт гардидааст ва он намунаи равшани меъмории суннатии Осиёи Марказӣ мебошад.
Масҷиди Мавлоно Яъқуби Чарҳӣ на танҳо макони ибодат, балки ёдгории арзишманди таърихӣ ва фарҳангӣ мебошад, ки зиндагӣ ва таълимоти яке аз бузургтарин орифони тоҷикро инъикос менамояд. Ин масҷид ҳамчун рамзи пайванди маънавӣ, меҳнати ҳалол ва анъанаҳои волои меъмории миллӣ то имрӯз мақоми хоса дорад.
